Huyện được đặt tên theo nhà cách mạng Dương Minh Châu, Chủ tịch Ủy ban Hành chính Kháng chiến đầu tiên của tỉnh Tây Ninh.

Giữa tháng 5 năm 1951, theo yêu cầu của cuộc kháng chiến, huyện căn cứ Dương Minh Châu được thành lập, huyện lấy tên đồng chí Dương Minh Châu. Về mặt hành chính huyện căn cứ gồm 5 xã: Ninh Thạnh, Thạnh Bình, Chơn Bà Đen, Phước Ninh, Định Thành. Tỉnh uỷ Gia Định Ninh chỉ đạo tách một phần xã Ninh Thạnh nhập vào một phần xã Thái Bình, thành lập xã mới là xã Thạnh Bình. Các xóm quanh núi Bà cùng các xóm dân cư trong khu căn cứ hình thành xã Chơn Bà Đen. Hai xã Lộc Ninh và Phước Hội nhập lại thành xã Phước Ninh; tách ấp Bến Buôn của xã Phước Ninh nhập vào một số xóm dân cư ven sông sài Gòn thành lập xã Định Thành. Dân số khoảng 10.000 người.

Sau năm 1975, huyện Dương Minh Châu có 10 xã: Bàu Năng, Bến Củi, Cầu Khởi, Chà Là, Lộc Ninh, Phan, Phước Minh, Phước Ninh, Suối Đá, Truông Mít.

Ngày 13 tháng 5 năm 1989, tách 2 vùng kinh tế mới Tân Thành và Suối Dây để hợp với 8 xã thuộc huyện Tân Biên thành lập huyện Tân Châu[3].

Ngày 13 tháng 1 năm 1999, thành lập thị trấn Dương Minh Châu - thị trấn huyện lỵ huyện Dương Minh Châu trên cơ sở điều chỉnh 465 ha diện tích tự nhiên và 7.985 nhân khẩu của xã Suối Đá[4].

Ngày 12 tháng 1 năm 2004, Chính phủ ban hành Nghị định 21/2004/NĐ-CP về việc điều chỉnh địa giới hành chính các huyện Dương Minh Châu và Tân Châu quản lý[5]. Theo đó:

• Chuyển 7.433 ha diện tích tự nhiên và 1.104 nhân khẩu (các ấp Tà Dơ, Đồng Kèn) của xã Suối Đá về xã Tân Thành, huyện Tân Châu quản lý.
• Chuyển 7.930 ha diện tích tự nhiên và 1.775 nhân khẩu (ấp Suối Bà Chiêm) của xã Suối Đá được chuyển về xã Tân Hòa, huyện Tân Châu quản lý.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, huyện Dương Minh Châu còn lại 43.451 ha diện tích tự nhiên và 100.047 nhân khẩu, gồm 1 thị trấn và 10 xã.